Frente a la complejidad de las tareas previstas, es necesario institucionalizar en los países estructuras permanentes que se especialicen en la gestión de los programas del Sector Educativo del MERCOSUR, colaboren con la Presidencia Pro Tempore, se relaciones con sus contrapartes en otros países y realicen tareas de vinculación, asesoramiento, seguimiento y difusión de las actividades demandadas por el Comité Coordinador Regional. Para optimizar la estructura y funcionamiento se considera adecuado:

1. Establecer mecanismos para la incorporación de nuevos países a las actividades relacionadas con el SEM;
2. Mejorar la relación de la SEM con otros órganos del MERCOSUR, teniendo en cuenta:

• la necesidad de que las resoluciones de la RME sean sistemáticamente incluidas en la agenda de los órganos de decisión de MERCOSUR (GMC y CMC);
• la importancia de la interacción horizontal con otras reuniones de Ministros de la región;
• la importancia de los estrechos lazos con el Parlamento del Mercosur, el Foro de Consulta y Concertación Política (FCCP), el Subgrupo de Trabajo 10 (SGT 10) y el Comité de Cooperación Técnica (CCT).
• la necesidad de estimular la formación de redes y una estrecha relación entre los niveles administrativos y de gestión de los sistemas educativos de países miembros y asociados de la región;
• la necesidad de fortalecer la coordinación en las relaciones del MERCOSUR con las normas internacionales, los países regionales, subregionales y otros.

A fin de que el Sector Educativo del MERCOSUR sea un ámbito dinámico y flexible, se consideran en su estructura tres funciones principales:

• Políticas (objetivos estratégicos)
• Técnicas (áreas y líneas de acción)
• De ejecución (diseño y ejecución de proyectos)

Estas funciones son coordinadas por las distintas instancias que componen el SEM, de acuerdo con su Reglamento Interno, aprobado por Resolución GMC No 28/01.

A. INSTANCIAS CON FUNCIONES POLÍTICAS:

• Reunión de Ministros de Educación del MERCOSUR (RME): es la instancia superior del Sector Educativo del MERCOSUR, responsable de la adopción de acuerdos sobre las contribuciones que la gestión educativa puede realizar al desarrollo de políticas del MERCOSUR (CMC/DEC. 7/91).
• Comité de Coordinación Regional (CCR): es el órgano asesor de la RME, propone las políticas de integración y cooperación en la educación y coordina el desarrollo de las acciones del SEM. Por lo tanto, su tarea consiste en desarrollar una serie de competencias relacionadas con las siguientes funciones:

1. Actuar como un canal de comunicación orgánica SEM con la estructura institucional del MERCOSUR, especialmente con la RME;
2. Desarrollar e implementar planes, proyectos y acciones ordenadas por RME;
3. Elevar las propuestas e iniciativas a la RME;
4. Promover la articulación con los organismos internacionales de cooperación y financiamiento, agencias especializadas, instituciones y actores de la sociedad civil;
5. Proponer, aprobar y evaluar los programas, proyectos y acciones, estableciendo prioridades y responsabilidades en función de los objetivos estratégicos;
6. Identificar mecanismos de financiación y fuentes de recursos para la ejecución de programas y proyectos prioritarios del SEM;
7. Desarrollar un programa anual y un cronograma de actividades en el marco del plan existente;
8. Proponer a la RME la creación de nuevos órganos necesarios para el cumplimiento de sus funciones;
9. Crear, en carácter temporal, instancias asesoras o de trabajo para el desarrollo de una función específica;
10. Supervisar, monitorear y evaluar el desarrollo del Plan de SEM;
11. Supervisar y evaluar los diferentes niveles de SEM;
12. Difundir los avances del proceso de integración y los resultados de los estudios y proyectos llevados a cabo;
13. Informar y rendir cuentas a la RME sobre el trabajo realizado;
14. Abordar situaciones no contempladas en el Reglamento en su campo de acción;
15. Cumplir con todas las demás tareas ordenadas por la RME.

Es de destacar que, de forma semestral y rotativa en orden alfabético, cada Estado Parte ejerce la Presidencia de la Pro Tempore del MERCOSUR. Durante este período, los Ministerios de Educación están a cargo del ejercicio de la Secretaría Pro Tempore del SEM, con el propósito de brindar apoyo operativo, mantener una comunicación fluida y permanente con las delegaciones de los países miembros, organizar y coordinar las reuniones del Sector, archivar la documentación oficial y presentar al Ministerio de Relaciones Exteriores la documentación respectiva de la RME, con el fin de ser considerado por el Grupo Mercado Común y el Consejo del Mercado Común.

B. INSTANCIAS CON FUNCIONES TÉCNICAS: 

• Comisiones de Áreas: son órganos consultivos de la CCR, encargadas de proponer los lineamientos estratégicos y sus mecanismos de aplicación teniendo, en cuenta los objetivos estratégicos establecidos por el Sector Educativo del MERCOSUR. Sus tareas son: 

1. Planificar y ejecutar las líneas de acción;
2. Proponer la creación de instancias de trabajo para el mejor desarrollo de sus funciones;
3. Analizar y evaluar proyectos;
4. Gestionar y ejecutar proyectos.

Cabe señalar que las Comisiones de Áreas son responsables de la preparación del perfil de los proyectos, analizar su visibilidad y enviar la propuesta al CCR, el cual identificará fuentes de financiamiento. Para ello, es necesario un trabajo de coordinación y plataforma de comunicaciones que permita la retroalimentación. El borrador final del proyecto estará a cargo de los grupos de trabajo.

• Comité Asesor del FEM (CAFEM): Es la unidad que brinda asistencia técnica para la administración financiera del Fondo Educativo del MERCOSUR.

C. INSTANCIAS CON FUNCIONES EJECUTIVAS:

• Grupos de Trabajo (GT): Son subsistemas expertos que asesoran al CCR o CRCA. De funcionamiento permanente, tienen por objetivo diseñar y/o realizar una o más tareas relacionadas con un tema específico. La creación de un Grupo de Trabajo debe ser elevada al CCR y aprobada por la RME.
• Grupos Gestores de Proyectos (GGP): Son instancias temporales específicas convocadas ad hoc por el CCR, por iniciativa propia o por sugerencia de las Comisiones de Área, para definir perfiles y desarrollar proyectos aprobados en el marco del Fondo Educativo del MERCOSUR. Los GGP tienen a su cargo la elaboración final del proyecto, que luego elevan a la respectiva Comisión de Área. 
• Comités AD HOC (CAH): Son instancias de trabajo especiales, creadas con carácter temporal, a fin de analizar un tema específico de interés emergente y considerado de importancia para el SEM. La duración de un CAH se extiende a la realización de las actividades y los fines para los cuales fue creado. Es formado en un primer momento por los funcionarios de cada Estado Parte.
• Comités de Gestión (CG): Son unidades que administran instancias específicas relacionadas con los procesos que garantizan un funcionamiento eficiente del SEM. 
• Comité Gestor del Sistema de Información y Comunicación (CGSIC): Atiende los requerimientos de comunicación, difusión del conocimiento, información y trabajo colaborativo en todos los niveles del SEM, utilizando tecnologías de comunicación social e información para cumplir su función. El SIC es administrado por un comité que diseña, desarrolla y administra la información que genera el SEM, de acuerdo con las necesidades de las diferentes instancias que lo componen. Algunas de sus tareas son: 

1. Desarrollar sitio web, plataformas de comunicación de enlaces a los programas sectoriales y entornos de colaboración;
2. Mantener actualizados los datos, documentos de trabajo, actas de reuniones y archivos adjuntos;
3. Difusión de los anuncios, informes, resoluciones de la SEM y las publicaciones digitales;
4. Diseño y desarrollo de indicadores y la armonización de los términos.